Phylolinguistique avec R

Auteur·rice

Affiliation

Thomas Pellard

Bienvenue

Ce tutoriel est une introduction à la phylolinguistique, c’est-à-dire aux méthodes phylogénétiques appliquées à la linguistique, à l’aide du logiciel libre R. Le but est d’apprendre à des linguistes à utiliser les méthodes de classification et d’inférence phylogénétique courantes en biologie.

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En l’état, il s’agit avant tout d’un pense-bête pour moi-même ainsi que mes collègues et étudiants.

Avertissement

Ce tutoriel est en construction. Il reste assez basique et, s’il pourra s’étoffer à l’avenir, il ne s’adresse pour l’instant pas aux néophytes complets. Les concepts de base de la linguistique historique et comparative comme de la phylogénétique sont rarement expliqués et le plus souvent présupposés, et il n’y a pas de références systématiques à la littérature scientifique pertinente.

Participez!

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Note technique

Ce tutoriel est réalisé avec Quarto, et le code R utilise le Tidyverse. Le code source est librement accessible sur Github.

Ressources

Les ressources ci-dessous sont recommandées pour une (re)mise à niveau ou pour aller plus loin.

Phylogénétique

En français, l’introduction à la systématique de Hervé (2020) constitue une bonne porte d’entrée, et Aubert (2017) est un manuel plus complet. On peut également recommander l’article de Gregory (2008) pour éviter les erreurs d’interprétations courantes des arbres phylogénétiques. Le cours en ligne Introduction à la biologie de l’évolution est également à signaler.

Pour aller plus loin, on peut consulter les manuels avancés de Darlu, Tassy & Zaragüeta i Bagils (2019) et Perrière & Brochier-Armanet (2010), ainsi que ceux en anglais de Felsenstein (2004), Lemey, Salemi & Vandamme (2009) et Brower & Schuh (2021).

Voir aussi les tutoriels:

Linguistique

Concernant les applications à la linguistique, Atkinson & Gray (2005), Geisler & List (2013), et Jacques & List (2019) détaillent le transfert de concepts phylogénétiques entre la biologie et la linguistique.

D’un point de vue pratique et technique, on peut recommander Dunn (2015), ainsi que l’excellent tutoriel en R de Goldstein (2020). Voir aussi le tutoriel Practical phylogenetic methods for linguistic typology.

R

Les manuels de Grolemund (2014) et de Wickham & Grolemund (2017) sont librement disponibles en ligne, et il existe une traduction en français de ce dernier (Wickham & Grolemund 2018).

Il existe en outre de nombreux tutoriels en ligne, y compris en français, comme:

Atkinson, Quentin D. & Russell D. Gray. 2005. Curious parallels and curious connections: Phylogenetic thinking in biology and historical linguistics. Systematic Biology 54(4). 513‑526. https://doi.org/10.1080/10635150590950317.

Aubert, Damien. 2017. Classer le vivant: Les perspectives de la systématique évolutionniste moderne. Paris: Ellipses.

Brower, Andrew V. Z. & Randall T. Schuh. 2021. Biological systematics: Principles and applications. 3ᵉ edn. Ithaca: Comstock. https://doi.org/10.7591/cornell/9781501752773.001.0001.

Darlu, Pierre, Pascal Tassy & René Zaragüeta i Bagils. 2019. La reconstruction phylogénétique: Concepts et méthodes. 2ᵉ edn. Paris: Éditions Matériologiques.

Dunn, Michael. 2015. Language phylogenies. In Claire Bowern & Bethwyn Evans (éd.), The Routledge handbook of historical linguistics, 190‑211. Abingdon: Routledge. https://doi.org/10.4324/9781315794013-10.

Felsenstein, Joseph. 2004. Inferring phylogenies. Sunderland: Sinauer.

Geisler, Hans & Johann-Mattis List. 2013. Do languages grow on trees? The tree metaphor in the history of linguistics. In Heiner Fangerau, Hans Geisler, Thorsten Halling & William Martin (éd.), Classification and evolution in biology, linguistics and the history of science, 111‑124. Stuttgart: Steiner.

Goldstein. 2020. Indo-European phylogenetics with R: A tutorial introduction. Journal of Indo-European Linguistics. https://doi.org/10.1163/22125892-20201000.

Gregory, T. Ryan. 2008. Understanding evolutionary trees. Evolution: Education and Outreach 1(2). 121‑137. https://doi.org/10.1007/s12052-008-0035-x.

Grolemund, Garrett. 2014. Hands-on programming with R: Write your own functions and simulations. Sebastopol: O’Reilly Media. https://rstudio-education.github.io/hopr/.

Hervé, Maxime. 2020. Systématique animale: D’Aristote aux phylogénies moléculaires. Histoire, concepts et méthodes de la classification. Louvain-la-Neuve: De Boeck Supérieur.

Jacques, Guillaume & Johann-Mattis List. 2019. Save the trees: Why we need tree models in linguistic reconstruction (and when we should apply them). Journal of Historical Linguistics 9(1). 128‑166. https://doi.org/10.1075/jhl.17008.mat.

Lemey, Philippe, Marco Salemi & Anne-Mieke Vandamme (éd.). 2009. The phylogenetic handbook: A practical approach to phylogenetic analysis and hypothesis testing. 2ᵉ edn. Cambridge: Cambridge University Press. https://doi.org/10.1017/CBO9780511819049.

Perrière, Guy & Céline Brochier-Armanet. 2010. Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire. Paris: Springer.

Wickham, Hadley & Garrett Grolemund. 2017. R for data science: Import, tidy, transform, visualize, and model data. Sebastopol: O’Reilly Media. http://r4ds.had.co.nz/.

Wickham, Hadley & Garrett Grolemund. 2018. R pour les data sciences: Importer, classer, transformer, visualiser et modéliser les données. Paris: Eyrolles.